Isitilah Bonek tak ada yang betul-betul bisa memastikan kapan isitlah Bonek ini muncul. Tetapi  bahwa Jawa Pos pertama kali menuliskan istilah itu di halamannya pada tanggal 8 November 1988. lewat artikel yang ditulis oleh seorang wartawan bernama Abdul Muis.

Munculnya istilah tersebut di koran Jawa Pos sendiri dipicu oleh insiden 'penumpang gelap' dalam kunjungan Bonek ke Semarang untuk mendukung Persebaya menjalani laga Kualifikasi Wilayah Timur menghadapi PSIS Semarang di Stadion Citarum. Jawa Pos mencatat bahwa jumlah suporter yang terdaftar resmi dalam rombongan “Tret-tet-tet”, istilah aktivitas suporter yang bertandang ke kandang lawan yang diorganisir oleh Jawa Pos, sebenarnya hanya 1000 orang, tetapi dalam kenyataannya jumlah itu malah membengkak hingga 1500 orang. Para penumpang tambahan itulah yang kemudian disebut dengan Bonek.